La penetrazione della Compagnia di Gesù nel Regno di Napoli ebbe inizio nel 1538 con la costituzione a Messina del 1° Collegio del 1549.

Nel 1558, costituita la Provincia Napoletana , si avviò la diffusione dell’Ordine in tutte le province del Regno e data l’epoca fino al 1777, data in cui furono allontanati dal Napoletano, i Gesuiti ampliarono sempre di più la loro sfera di azione istituendo collegi, case professe, missioni ed altre opere. La nobiltà e i Vescovi salutarono con entusiasmo l’arrivo dei Gesuiti che furono i primi che meglio seppero rispondere alle richieste di una società in piena trasformazione.

Alla morte del fondatore della Compagnia S. Ignazio di Loyola (1556) i collegi erano 33, nel 1580 salirono a 140, nel 1600 furono 245, fino ad arrivare a 414 nel 1626 per raddoppiare agli inizi del secolo XVIII. La Puglia, così come tutto il vice reame di Napoli, fu coinvolta in questa espansione e il primo collegio sorto fu quello di Lecce, che iniziò la sua attività nel 1583.  A questo primo di Lecce ne seguirono altri 8 di cui 4 in terra di Bari (Molfetta, Monopoli, Barletta e Bari).

La città di Bari aveva chiesto un collegio di Gesuiti fin dall’anno 1560. Finalmente il 10 Aprile 1581 il partito dei nobili, con a capo Pietro Coppa De Rossi, coraggiosamente insiste nel Consiglio cittadino, perché si riprendano le fila dell’antico argomento, e si assegnino presto ai  Gesuiti Casa,Tempio e un sussidio annuo di 700 ducati. Il Partito popolare invece, capeggiato da certo Colantonio Pizzolo, appellandosi ai molti debiti di cui era gravato l’erario, respinge vigorosamente la proposta invocando per i Gesuiti altre risorse. Finalmente dopo nuovi ripetuti assalti ad altrettante respinte, il 15 Ottobre 1583 i due partiti, in seguito ad uno scambio sereno di vedute, convengono in un assegnamento annuo di 500 ducati, ed altrettanti, per una volta sola, per l’approntamento dell’abitazione. L’Arcivescovo Antonio Del Pozzo, molto bene affetto ai Gesuiti aggiunse del suo un assegnamento annuo di 1000 ducati (nobile gesto che fu imitato dal Barone di Ceglie, Girolamo Lopez). E poco dopo, il medesimo Arcivescovo, con l’adesione del capitolo offrì ai Padri per il loro ministero l’antica Chiesa di S. Rocco, la quale, in seguito, fu fatta demolire per dar posto ad un nuovo più ampio tempo dalla facciata monumentale.

Mentre fervevano i lavori di costruzione del Collegio, Mons. Giampietro Fortiguerra, Vescovo di Bitonto, benediceva la prima pietra del costruendo tempio (23 Maggio 1589) e il 28 agosto 1595 Mons. Cesare Arenio, Vescovo di Bitetto, ne faceva la solenne dedicazione al Nome del SS.mo di Gesù. Il Collegio intanto, sorto rapidamente, si rivelò presto insufficiente allo scopo, per cui fu necessario allargarlo su l’area di alcune case attigue. Così l’edificio con l’annessa chiesa formava un grandioso corpo edilizio. Il Collegio di Bari si affermò con grande rapidità particolarmente per il fermento culturale che scosse la città nel periodo Aragonese cui dette grosso impulso la presenza della Regina Bonasforza e della sua Corte. Molti i rettori che si alternarono alla guida del Collegio, tutti di notevole fama fra cui il Venerabile Padre Domenico Bruno (1730) i cui resti mortali riposano a piè dell’altare maggiore della stessa chiesa.

Alla fine del 1700, inizi 1800, con i decreti di soppressione (Borbonico e Napoleonico) tutti i beni dei Padri Gesuiti in Bari, compreso la chiesa, passarono al Demanio che procedette alla vendita a privati, ad eccezione della chiesa, che era stata concessa al Municipio ad uso di teatro. Ma tale destinazione non venne mai attuata anche perché osteggiata da una notevole parte della nobiltà e della allora borghesia emergente per cui la chiesa fu data nel possesso del Vescovo protempore. Negli anni successivi la chiesa venne affidata dagli Arcivescovi ad una congregazione di spirito per gli studenti e alla confraternita di Santa Filomena per poi passare di nuovo in uso ai Padri Gesuiti.